En la década de los años noventa los estudios en la sierra se multiplicaron y aparecieron nuevas temáticas. Entre éstas ha sobresalido la cuestión ambiental, la cual se ha abordado desde diferentes perspectivas: el análisis de las condiciones socio políticas del deterioro ambiental (Paré et. al. 1992; Velázquez y Paré, 1996; Paré et. al. 1997); el deterioro productivo y el papel que en él han tenido algunos programas estatales (Blanco y Cruz, 1992; Blanco, 1999); las percepciones sociales sobre los problemas ambientales (Lazos, 1997); el rol de la educación ambiental comunitaria en la creación de compromisos asumidos por los sujetos sociales locales para detener o impedir la degradación del ambiente (Soares de Moraes, 1998). Estos estudios se realizaron básicamente en Soteapan, Pajapan y Tatahuicapan.

En la aparición de la temática ambiental intervinieron varios factores, entre los que destacan: la llamada de atención desde la biología sobre la importancia biológica de la región y las amenazas que sobre ella se cernían (Ramírez, 1980), la relevancia que el tema ambiental adquirió en el nivel mundial gracias a las organizaciones ecologistas, y la declaración de la región como área protegida por diversos decretos presidenciales. También en torno a esta temática se produjeron varios trabajos de investigación participativa, en los que se trató de diagnosticar una situación particular (deterioro de suelos, empobrecimiento de la dieta diaria, peligro de extinción de alguna especie vegetal, etc.), a la vez que se proponían y se echaban a andar algunas posibles soluciones (Buckles y Arteaga, 1993; Velázquez y Ramírez, 1995; Gutiérrez, Buckles y Arteaga, 1995; Paré y Velázquez, 1997; Blanco, 1997). En otras publicaciones se analizó desde diversas perspectivas el intento de establecer plantaciones de eucalipto en las tierras bajas de Pajapan y Tatahuicapan, indicando las repercusiones negativas que este tipo de cultivo y de relación contractual entre campesinos e iniciativa privada había tenido en otras partes del mundo (Paré, 1992, 1993).

Otros temas que se habían tratado en las investigaciones de la década anterior se siguieron estudiando en los años noventa, dada su continua importancia. Tal fue el caso de la ganadería extensiva: su origen y desarrollo en otras partes de la sierra (Paré, Velázquez y Gutiérrez, 1993; Lazos, 1996; Lazos y Godínez, 1996); su vinculación con el acaparamiento de tierras comunales (Buckles y Chevalier, 1992; Velázquez, 1995); los conflictos políticos surgidos al interior de las comunidades indígenas (Velázquez, 1992 y 2000). El papel relevante que los partidos políticos de oposición empezaron a tener en la arena política también mereció la atención de algunos investigadores (Blanco, 1992; Blanco y Sam, 1992; Blanco, 1999). Recientemente se han empezado a analizar las consecuencias del PROCEDE en algunos lugares de la sierra (Velázquez, 1999a; Rodríguez, 2000). En nuestro proyecto, algunas de estas líneas de indagación han sido retomadas, colocando la dinámica de las pequeñas agriculturas como eje del trabajo colectivo.

La presencia de diversos grupos étnicos en la región ha sido tematizada también atendiendo a la dimensión del género. La dinámica de crecimiento del Istmo se caracteriza, en la parte meridional, por las peculiares relaciones sostenidas entre los pueblos zapotecos, huaves, chontales, zoques y mixes. Estas relaciones comerciales, políticas, religiosas y sociales forman los hilos de la red del tejido social que define a la región como multiétnica y plurilingüísta. Dentro de estas relaciones humanas el componente de género juega un papel muy importante. Las relaciones familiares, incluyendo la economía doméstica, son la base y el principio de la organización social de la vida comunitaria. Al interior de la familia la mujer indígena tiene el papel no sólo de productora sino de reproductora social de la vida comunitaria. No obstante la importancia de su rol social al interior de la familia, la sociedad patriarcal la ha reducido al ámbito familiar y se la ha excluido de la participación en la toma de decisiones comunitarias que en ocasiones afectan los ámbitos socioeconómicos y políticos de la localidad y de su familia. Sin embargo, esto que es una realidad para muchas familias indígenas, en el Istmo adquiere otras características entre las zapotecas. Nadie puede ignorar que el pequeño y mediano comercio esta en manos de las mujeres zapotecas que son viajeras y maestras de las relaciones públicas. Son ellas quienes inducen a las huaves a venderles su camarón, al mejor precio, “para eso son comadres”. Son las zapotecas quienes prestan dinero a las zoques y se vuelven acaparadoras del mango en Zanatepec y Tapanatepec. Son también, quienes llevan joyas a vender a la zona mixe y quienes arreglan de forma "espiritual" los problemas sobrenaturales en Huamelula o en Astata con las chontales, sólo por mencionar algunos ejemplos.

Entre las fantasías que se han desarrollado sobre la mujer zapoteca del istmo esta aquella que dice que en el Istmo de Tehuantepec se vive en un matriarcado. No hay tal, pero ciertamente las mujeres y todo lo que hacen son muy apreciadas por los hombres y al parecer hay reconocimiento y respeto por su trabajo. Existe lo que Beverly Chiñas (1975) ha descrito como una cultura matrifocal donde el hogar se entiende como un núcleo cuyo eje central es la madre. Sin que esto disminuya, atenúe o compita con el poder que ejerce el hombre en la sociedad. En el libro “Juchitán, la ciudad de las mujeres”, de Veronika Bennholdt-Thomsen (1997), se comenta que las mujeres al ser cuestionadas dicen que no participan en la política porque “esa es una perdedera de tiempo”. Será necesario constatar si esta es una opinión generalizada o existen otros motivos para su no participación en cargos de elección y como autoridades y funcionarias públicas.

Las zapotecas, por supuesto, no son las únicas mujeres de grupos étnicos que existen en el Istmo. Sin embargo, por ser el grupo mayoritario, a las mujeres zapotecas se las ha estudiado más. Son muy escasos los trabajos sobre las mujeres de los otros grupos indígenas del Istmo. Las relaciones inter-étnicas entre mujeres han significado una serie de intercambios culturales que van desde el vestido hasta las prácticas para la comprobación de la virginidad y recientemente el interés que muchas madres huaves, mixes, chontales y zoques tienen para que sus hijos e hijas vayan a la escuela porque la consideran como un factor de movilidad social, que ha sido ejercido por los zapotecas.

En los últimos años, el Programa Progresa ha sido considerado el programa para las mujeres por excelencia. Orientado a impulsar la educación, la salud y la alimentación de la familia, favoreciendo a niñas y mujeres, ha tenido como objetivo “dar poder a las mujeres”. Sin embargo, en qué medida las buenas intenciones han permeado la mentalidad de quienes lo ejecutan en las comunidades, constituye un problema a analizar. Se puede pensar entre otras cosas que está rompiendo con el equilibrio que entre hombres y mujeres existe en cuanto a la toma de decisiones. Al ser las mujeres el blanco del Programa Progresa, son ellas las “titulares”: quienes reciben el dinero. El dinero en la zona rural tiene un valor diferente al que posee en las zonas urbanas y su llegada abre posibilidades de desarrollo a las mujeres pero también estimula conflictos al interior del núcleo familiar. Resulta entonces importante constatar cómo éste ha afectado las relaciones al interior de la familia y, si lo ha hecho diferencialmente entre los zapotecos, mixes, chontales, zoques y huaves, qué consecuencias puede esto tener a corto, mediano y largo plazo.