La consideración de los marcos conceptuales y de las metodologías adecuadas para abordar el estudio de un sistema complejo plantea la revisión de las estructuras de formación de los investigadores. Las instituciones de educación superior ofrecen la mayor parte de las veces un saber fragmentario. La investigación interdisciplinaria demanda una nueva actitud al interior de cada disciplina. La búsqueda de formas de organización que hagan posible el trabajo interdisciplinario surge como reacción contra la excesiva especialización.

Sin embargo, como apunta García, no basta con reunir a diversas disciplinas para obtener un estudio interdisciplinario. Es preciso ir mas allá de las relaciones entre las disciplinas, examinando las preguntas que pueden articular el conocimiento producido por los diversos miembros de un equipo de especialistas. En este sentido, se trata de considerar el marco conceptual desde el cual se aborda el objeto de estudio. Se trata de indagar el análisis de las interrelaciones que se dan en un sistema complejo entre los procesos que determinan su funcionamiento. Solo de ahí podrá surgir un diagnostico integrado. La interdisciplina comienza entonces desde la formulación misma de los problemas: se parte de un conjunto de preguntas compartidas.

Al abordar la problemática regional, es preciso recordar que lo que llamamos sistema, en un contexto dado de análisis, es también un subsistema de sistemas más amplios, dentro de los cuales puede desempeñar una o más funciones. Nuestra propuesta analítica elabora un corte sobre lo real, construyendo o delimitando un espacio especifico. La región o sistema objeto de análisis no esta dado: es producto de un proceso de aproximaciones sucesivas. Los estudios históricos son una herramienta indispensable en el análisis sistémico; no se trata de reconstruir la historia total de la región, sino de reconstruir la evolución de los principales procesos que determinan su funcionamiento. La definición de la región circunscribe el espacio en función de los procesos que se consideran fundamentales para su dinámica, ya que poseen cierta interrelación.

El investigador selecciona aquellos fenómenos que le parecen pertinentes, y por lo tanto, siempre hay un conjunto de conceptos, valores o incluso prejuicios que orientan dicha descripción. Así, el sistema queda definido por la selección (arbitraria) de sus partes, las que finalmente le confieren su identidad. El análisis del sistema no debe postular una realidad estática, pues como señala Harvey (1977), la estructura de las relaciones sociales es fluida y cambiante: se trata mas bien de totalidades o estructuras inmersas en procesos de estructuración y desestructuración

¿Qué problemas se procura interpretar? Esto implica formular las preguntas de base. ¿Qué estudios anteriores se han hecho sobre esa problemática? Esto permitirá reconstruir la historia de las situaciones y fenómenos que motivan este estudio así como identificar los elementos y relaciones pertinentes para caracterizar el sistema planteado por la problemática. De ahí surge el planteamiento de hipótesis de trabajo que permitirían explicar el comportamiento del sistema así como la identificación de la problemática a investigar en cada subsistema, a fin de esclarecer sus funciones dentro del conjunto. De este modo la investigación disciplinaria de los problemas planteados en cada subsistema, en el contexto de las relaciones que guardan con la dinámica del sistema regional, dará pie a la integración de los resultados obtenidos y a la redefinición del sistema, hasta alcanzar una integración de los diferentes estudios parciales en un estudio integral.

Por problema se entiende toda situación o aspecto de la realidad que sea percibido como insatisfactorio por una fuerza o grupo social capaz de actuar. La insatisfacción puede provenir de concepciones normativas o ideológicas acerca de cómo debería funcionar la sociedad, de temores ante el futuro, o de valores de solidaridad e igualdad entre los hombres, o bien, de la percepción de amenazas directas a los intereses individuales o de grupos. Por proceso se entiende toda transformación continuada e importante en la organización interna del fenómeno global que se estudia (en este caso, la región).

Si se considera que lo real esta compuesto de estratos, y que la dimensión espacial constituye un estrato básico ineliminable de la vida social, cabria señalar que el espacio no solo representa un soporte de ésta, sino que también impone límites y restricciones a la vida social. Sin embargo, el estrato social puede sobreconformar al estrato espacio a través de la tecnología. De esta manera el condicionamiento estricto que la distancia ejerce sobre la vida social, puede ser reducido, sin que sin embargo éste desaparezca. Las restricciones espaciales (fricción), permanecen, pero su efecto es menor gracias al proceso histórico, en el cual juega un papel no sólo la tecnología sino también la organización social, que condiciona los usos específicos de aquella. La variable tecnológica adquiere un valor distinto de acuerdo al patrón de producción y el estilo de desarrollo, los cuales definen las formas espaciales. La relación entre formas espaciales y procesos sociales esta vinculada a la cultura y se manifiesta en sentimientos y actitudes de pertenencia e identificación territoriales

Nuestro proyecto se plantea la configuración de un marco epistémico compartido, es decir, un conjunto jerarquizado de preguntas a las que se intenta dar respuesta. Construir un sistema equivale a discutir y definir un conjunto de pertinencias, pero equivale también a identificar los parámetros que intervienen en el problema, y especificar cuáles de ellos podrían considerarse como elementos constantes a la escala temporal correspondiente al análisis concreto que se propone. Construir un sistema sobre la base de un conjunto de pertinencias implica proponer un recorte de la realidad. Todo recorte de la realidad involucra en principio tres dimensiones: la espacial, la temporal y la conceptual. El marco epistémico es el que orienta la racionalidad del recorte en cada una de estas tres dimensiones, que no son independientes entre sí. Los fenómenos que son excluidos por el recorte espacial del sistema se conceptualizan como una condición de contorno, que los integrantes del sistema no pueden modificar. La delimitación del sistema nunca es una operación obvia: la incorporación o exclusión de une elemento esta sujeta a discusión.